但是，任何制度，积久生弊，年代一长，总会跟不上时代的脚步而漏洞百出，下面钻空子的人越来越多，以致民间的舞弊取巧，简直层出不穷，这叫做上有政策，下有对策。
即便有了鱼鳞册，民间也立即想出各种花样来取巧，比如所谓飞洒、诡寄、虚冒之类，一切作弊的花样，一时也说不尽。
因此，册上的田地方位四至，纵然画得挺准确，而业主花名，则依然可以混淆，最终变为一笔糊涂账。
实际上，大致到了万历中期，官府穷于应付的事情实在太多，这一套户籍制度，基本等于是被废弃了，收到的岁赋也越来越少，全国上下处于一片混乱之中，大明王朝滑向深渊，已是不可避免！